Die Geschichte Leidenborns reicht weit in die Vorzeit zurück. Hügelgräber in der Gemarkung belegen eine frühe Besiedlung: Nordöstlich von Sengerich entdeckte man eine Gruppe von zwölf Grabhügeln sowie einen weiteren einzelnen Grabhügel mit einem Durchmesser von 20 bis 30 Metern.
Den Grundstein der heutigen Gemeinde legten jedoch die Siedler des Mittelalters: Die Endung des Ortsnamens weist auf eine Entstehung während der mittelalterlichen Rodungsphasen hin, als weite Teile der Eifel urbar gemacht und neue Dörfer gegründet wurden. Alle Ortschaften der späteren Region gehörten vor 1794 zur Meierei Leidenborn in der Herrschaft Dasburg, welche Teil des Herzogtums Luxemburg war. Innerhalb dieser Herrschaft bildete Leidenborn den namensgebenden Hauptort der Meierei, zu der Orte wie Großkampenberg, Harspelt, Herzfeld, Kesfeld und Lützkampen gehörten.
Mit dem Ende des 18. Jahrhunderts änderten sich die politischen Verhältnisse grundlegend: Im Jahr 1794 besetzten französische Revolutionstruppen die Region und annektierten sie im Oktober 1795. Unter der französischen Verwaltung gehörte das Gebiet zum Kanton Arzfeld im Arrondissement Bitburg. Aufgrund der Beschlüsse des Wiener Kongresses wurde das Gebiet 1815 dem Königreich Preußen zugeordnet.
Die preußische Zeit brachte Leidenborn einen deutlichen Bedeutungsgewinn: Die Bürgermeisterei Leidenborn war eine von 29 preußischen Bürgermeistereien im 1816 neu gebildeten Kreis Prüm, und der Ort erhielt ein Amtsgebäude sowie eine kleine Polizeistation mit Gefängnis. 1843 lebten im gesamten Bürgermeistereibezirk 877 Menschen in 126 Wohnhäusern. 1927 wurde die Bürgermeisterei in „Amt Leidenborn“ umbenannt und 1936 schließlich mit weiteren Ämtern zum Amt Daleiden-Leidenborn zusammengelegt.
Heute ist Leidenborn eine ruhige, landwirtschaftlich geprägte Wohngemeinde im Westen der Eifel, nur wenige Kilometer östlich der Grenze zu Luxemburg. Gut zwei Drittel des Gemeindegebietes werden landwirtschaftlich genutzt, über 20 Prozent sind Waldfläche. Zum Gemeindegebiet gehören neben dem Hauptort mehrere Wohnplätze und Höfe wie die Leidenbornermühle, Hallischbach, Huffelsheck und Reiffersbach sowie der Weiler Lautzerath.